第二次ネオ・ジオン戦争(シャアの反乱)から12年後のU.C.0105。世界は変わらず混乱状態にあり、断続的に軍事衝突が発生していた。そんななか、地球連邦政府の腐敗は地球の汚染を加速させ、強制的に民間人を宇宙へと連行する非人道的な政策“人狩り”を実施する。反地球連邦政府組織「マフティー」は、連邦政府高官を暗殺するという苛烈な行為で抵抗を開始。リーダーはマフティー・ナビーユ・エリンと名乗るが、その正体は一年戦争も戦った連邦軍大佐ブライト・ノアの息子ハサウェイ(声:小野賢章)であった。アムロ・レイとシャア・アズナブルの理念と理想、意志を宿した戦士として道を切り拓こうとするハサウェイ。しかし、連邦軍大佐ケネス・スレッグ(声:諏訪部順一)と、謎の美少女ギギ・アンダルシア(声:上田麗奈)との出会いがその運命を大きく変えてゆく……。