15年前、巨大宇宙船が地球に出現、青い光を放出し大量の人間を吸い上げていった。彼らエイリアン“ハーベスター”の目的は、人類を資源に使うこと。捕らわれた人々は、脳を人造人間“パイロット”に移植され奴隷として使われた……。青い光の影響で特殊なDNAを持って生まれたローズ（リンゼイ・モーガン）は、父親代わりのマークたちと抵抗軍を結成。10年後、リーダーに成長した彼女は、青い光のパワーの源コアドライブを積んだアルマダ艦を打ち破り、ハーベスターは地球から姿を消す。それから5年、ローズは幾多の戦いによって心に傷を負い抵抗軍を離れていたが、ある日、コアドライブが敵の惑星コバルトワンに転送されていたことを知らされる。すでにハーベスターは反撃の準備を整え、洗脳から逃れ地球で暮らす30億ものパイロットを再び操り始めるという。残された時間は72時間。ローズは精鋭部隊、そしてパイロットにされたマークの息子たちと共にコバルトワンへと向かう。やがて、謎の怪物たちの襲撃をかわしながらコアドライブを捜索するローズの前に、ハーベスターのリーダーが現れる。一方、地球ではパイロットの群れが次々と人々に襲いかかっていた……。