胸にドラゴンの形をしたアザを持つ総合格闘技選手コール・ヤング（ルイス・タン）は、自らの生い立ちを知らぬまま、金のために戦う日々を送っていた。そんなある日、コールは魔界の皇帝シャン・ツン（チン・ハン）が放った刺客サブ・ゼロ（ジョー・タスリム）に命を狙われる。家族の身を案じたコールは、特殊部隊少佐ジャックス（メッカド・ブルックス）に言われるがまま同じく特殊部隊所属のソニア・ブレイド（ジェシカ・マクナミー）という女性戦士と合流、地球の守護者であるライデン（浅野忠信）の寺院を訪れる。そこで太古より繰り広げられてきた世界の命運を懸けた格闘トーナメント“モータルコンバット”の存在を知るコール。さらに、自らが魔界の敵たちと戦うために選ばれた戦士であることを知るのだった。コールは新たな仲間たちとともに、秘められた力を解放し、家族、そして世界を救うバトルに身を投じていく……。