4月、上京し一人暮らしを始めた大学生の“私”(永瀬廉)だったが、友達も恋人もおらず、講義は恐ろしく退屈で、やりたいこともなりたいものもない。深夜のアルバイトの帰りにいつも東京タワーを眺めて過ごしていた。そんな鬱々とした日々が、凛々しく聡明な“先輩”(池田エライザ)との出会いや、謎の男“黒服”(柄本佑)の出現により一変。カリスマ的魅力を持つ“黒服”に導かれささやかな悪戯を仕掛けたり、“先輩”と距離が近づいたりするうちに、“私”の日常が静かに煌めきだしていった。しかし、次第に“黒服”と孤独な同志たちの言動は激しさを増し、“私”と“先輩”を巻き込み真夜中乙女戦争という壮大な破壊計画が秘密裏に動き始め……。