突如、宇宙から襲来した〈母艦〉が空に覆いかぶさる東京。この世界は終わりを迎えるかにみえたが、絶望は日常に溶け込み、大きな円盤が空に浮かぶ世界は今日も変わらず廻り続けていた……。入試に合格し、出元亜衣（声：島袋美由利）や平間凛（声：大木咲絵子）と同じ駿米大学に通うことになった小山門出（声：幾田りら）と“おんたん”こと中川凰蘭（声：あの）。大学では竹本ふたば（声：和氣あず未）、田井沼マコト（声：白石涼子）と意気投合、会長の尾城先輩がいるオカルト研究会に入部し、新たなキャンパスライフが始まる。一方、宇宙からの〈侵略者〉は東京のそこかしこで目撃され、自衛隊は無慈悲な駆除活動を粛々と実行していた。上空には、傾いて煙が立ち上る母艦。政府転覆を狙い〈侵略者〉狩りを続ける過激派グループ・青共闘の暗躍。世界の終わりに向かうカウントダウンが刻まれるなか、凰蘭は、またもあの不思議な少年・大葉圭太（声：入野自由）に遭遇する……。