西暦2205年。時間遡行軍が室町時代後期の歴史を改変するために出撃したとの報告を受けた審神者は、三日月宗近（尾上松也）、小烏丸（河合雪之丞）、髭切（中村莟玉）、膝丸（上村吉太朗）、同田貫正国（中村鷹之資）、小狐丸（尾上右近）の六振りを呼び出し、永禄年間（1558～1570）に向かわせることに。しかし、三日月宗近はためらう様子を見せる。時の将軍足利義輝（尾上右近）が三日月宗近の最初の主であったとも、その愛刀であったとも伝わるためだ。やがて刀剣男士たちは永禄の世に顕現し、足利義輝や紅梅姫（中村莟玉）、執権の松永弾正（中村梅玉）・久直（中村鷹之資）親子たちと交錯しながら、歴史を守るため戦っていく……。