タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門（声：代永翼）との決闘に向かった後、消息を絶った土井先生（声：関俊彦）。山田先生（声：大塚明夫）と六年生による土井先生捜索が始まるなか、担任不在の一年は組では、タソガレドキ忍軍の忍び組頭・雑渡昆奈門（声：森久保祥太郎）と尊奈門が教壇に立つことに。そんななか、きり丸（声：田中真弓）は偶然、土井先生が置かれた状況を知ってしまう。一方、土井先生捜索中の六年生の前に突如現れたのは、ドクタケ忍者隊の冷徹な軍師・天鬼。だがその顔は、土井先生と瓜二つで……。忍たまたちの前に立ちはだかる最強の敵を迎え、今、強き“絆”が試される。果たして乱太郎（声：高山みなみ）、きり丸、しんべヱ（声：一龍斎貞友）たちは、土井先生を取り戻すことができるのか……。