東西冷戦下、英国情報局秘密情報部MI6とソ連国家保安委員会KGBは熾烈な情報戦を繰り広げていた。そんな中、英国諜報部＜サーカス＞のリーダー、コントロール(ジョン・ハート)は、組織幹部の中に長年にわたり潜り込んでいるソ連の二重スパイ＜もぐら＞の存在の情報を掴む。ハンガリーの将軍が＜もぐら＞の名前と引き換えに亡命を要求。コントロールは独断で、工作員ジム・プリドー(マーク・ストロング)をブダペストに送り込むが、ジムが撃たれて作戦は失敗に終わる。責任を問われたコントロールは長年の右腕だった老スパイ、ジョージ・スマイリー(ゲイリー・オールドマン)と共に組織を去ることとなる。直後にコントロールは謎の死を遂げ、引退したスマイリーのもとに＜もぐら＞を捜し出せという新たな命が下る。標的は組織幹部である“ティンカー”ことパーシー・アレリン(トビ―・ジョーンズ)、“テイラー”ことビル・ヘイドン(コリン・ファース)、“ソルジャー”ことロイ・ブランド(キアラン・ハインズ)、“プアマン”ことトビー・エスタヘイス(デヴィッド・デンシック)の4人。過去の記憶を遡り、証言を集め、容疑者を洗いあげていくスマイリー。浮かび上がるソ連の深部情報ソース＜ウィッチクラフト＞、そしてかつての宿敵・ソ連のスパイ、カーラの影。やがてスマイリーが見い出す意外な裏切り者の正体とは……。