パシフィック製薬の多湖宣伝部長は、自社提供のテレビ番組「世界の驚異シリーズ」が不評のため悩んでいる矢先、南方野生薬草の調査旅行から帰った牧岡博士から、ファロ島に大異変が起りつつあるという原住民の噂を聞くや、TV局の桜井カメラマンや古江社会教育部員を海外取材班として急行させた。そのころ、国連派遣の科学者を乗せて北極海を航行中の原子潜水艦シーホーク号は、突如大爆発を起した氷山から怪獣ゴジラが飛び出してくるのを見た。彼は咆吼と共に放射能を吐きつつ北方軍事基地を粉砕、ベーリング海峡を一気に南下した。一方南海のファロ島に上陸した古江たち一行は、浜辺で大蛸と格闘するキングコングに胆をつぶした。原住民の土器の赤い汁を飲んだキングコングは昏睡状態に陥って、難なく生捕りにされた。大筏にしばりつけたキングコングを貨物船が曳いて日本へ向う途中、待ちきれない多湖がヘリコプターで飛んできた。キングコングとゴジラを戦わせれば、これ以上の宣伝はないと、大ハリキリだ。が、ある日、大蛸が再び襲いかかってキングコングは海中に逃げた。松島湾から日本本土に上陸したゴジラは、仙台市を過ぎ、時速五〇キロで南下を続けた。防衛庁では科学者をまじえて対策を協議するが、ゴジラにキングコングをぶつける以外に局面打開の道はない。ゴジラを倒すには百メガトンの水爆攻撃が必要なのだ。警察側は埋没作戦と、二十万Ｖ作戦を練った。九十九里浜から潮来に抜けたキングコングは、中禅寺湖でゴジラと対決したが、強力放射能に敗れて姿を消した。かくてゴジラは帝都に侵入、大東京は怪獣の蹂躙に遭って恐怖のドン底に陥った。しかし、科学陣の二十万Ｖの高圧電線に触れたキングコングは、感電のショックで帯電体質となり、再び富士山上でゴジラと世紀の死闘を展開するのであった……。