＜スーパー・ヒーローの世界＞には、3つのルールがある。1、その正体を人間に知られてはならない。2、スーパー・パワーを乱用してはならない。3、家族を守れなければ、スーパー・ヒーローとは呼べない。世界の多くの危機を救ってきたスーパー・ヒーローたち。しかし15年前、その破壊力に満ちたスーパー・パワーが一般市民の被害を拡大していると訴えられ、敗訴。今後、スーパー・ヒーローとして活動することを禁じられてしまう。世界有数のスーパー・ヒーローだったＭｒ.インクレディブル（声：クレイグ・Ｔ.ネルソン）も、一般市民として生活することを余儀なくされる。妻と子供たちをこよなく愛する彼は、現在は、保険会社の一サラリーマン。また、Ｍｒ.インクレディブルの家族は、全員がスーパー・パワーの持ち主。夫と「職場結婚」した元スーパー・レディ、インクレディブル夫人（ホリー・ハンター）は、今では主婦として子育てと家事に追われている。子供の反抗期と、ヒップのサイズが悩みの種。負けず嫌いで目立ちたがり屋の長男ダッシュ（スペンサー・フォックス）は、スーパー・ダッシュを使えばどんなスポーツでも一番なのに、母親にその使用を禁じられているのが不満。反対に、特殊なバリアで身を守れる長女のヴァイオレット（サラ・ヴァウエル）は、とっても内気で自分に自信がもてない思春期の少女。普通の女の子のように恋がしたいけれど、自分のスーパー・パワーのせいでそれができないと悩んでいる。ただひとり、彼らの弟ジャック・ジャックだけは、スーパー・パワーがまだ不明だった。ある日、Ｍｒ.インクレディブルの元に、一通の手紙が届く。そこに書かれていた「あなたはまだ世界を救える」という言葉に、彼はスーパー・スーツを身にまとう。同時期、元ヒーローたちが次々に行方不明になる事件が、世界が勃発していた……。