ニューヨークの博物館で働くテッド（声：ウィル・フェレル）は、館長から博物館が閉鎖されそうだと相談を受ける。館長の息子ジュニアは、取り壊した跡地を駐車場にするつもりらしい。そこでテッドにいいアイデアが浮かぶ。それは、アフリカにある失われた古代巨像を見つけて博物館の目玉にすることだ。「ノッポのバナナ」と笑われながら、テッドは黄色い「探検隊ルック」に身を包んで出発した。 目的地を目の前にして休憩していると、突然子ざる（フランク・ウェルカー）が現れ、自慢の帽子を取られてしまう。人懐っこいその子ざるはテッドが遊んでくれていると勘違いして、後を付いて来る。そしてテッドが世紀の発見をする瞬間がやってきたが、それは古代巨像と呼ぶにはあまりにも小さい像だった。館長に何と説明したらいいのかと、帰りの船で落ち込んでいたテッドは、さっきまで遊んでいた子ざるが一緒に乗り込んでいるとは夢にも思っていなかった。そうこうするうちにニューヨークに着くが、テッドは驚いてしまう。というのも、博物館だけでなく街中が「12メートルの巨像」の話題で持ちきりだったのだ。そしてテッドが家の中で見たものは、あの黄色い帽子！ それはつまり、あの子ざるがニューヨークまで隠れんぼをしにやってきたということだった。ところがアパートはペット厳禁で、テッドと子ざるはアパートを追い出されてしまう。博物館に戻り、テッドは館長に本当のことを告白する。ところが何と、記者会見場がすでに用意されていた。しどろもどろになってテッドが会見を行っていたその時、館内で遊んでいた子ざるが恐竜の展示物を壊してしまう……。子ざるが引き起こした大混乱の中で、テッドは家に続いて仕事まで失ってしまった。思い余ってテッドは動物管理局に保護を頼んでみるが、上手くいかない。彼はどこまでツイていないのか。