西暦2138年、世界は争いと不安の混沌の中にあった。非核大戦によって、人類の半数が死滅した世界。停戦と共に誕生した、中立都市【オリュンポス】には、人間とサイボーグ、そして、人間の遺伝子でつくられ、怒りや憎しみを抑制された種族、バイオロイド（クローン）が共存していた。デュナン（声：小林愛）とブリアレオス（声：山寺宏一）は、【オリュンポス】の特殊部隊ES.W.A.T.に所属する戦士。ふたりは、恋人同士であった。ある日、作戦行動中にデュナンをかばったブリアレオスが、瀕死の重傷を負う。一命は取り留めたものの、ブリアレオスは昏睡状態が続いた。ブリアレオスの回復の兆しも見えないうちに、デュナンのもとに新たなパートナー、テレウス（声：岸祐二）が配属される。テレウスは、バイオロイドであり、生身の姿だった頃のブリアレオスと同じ顏と肉体、そして同じ優しさを持っていた。その頃、世界ではサイボーグが暴走するテロ事件が多発。サイボーグのパーツの出荷を禁じられた企業集合体国家【ポセイドン】は、特使の吉野を【オリュンポス】に派遣する。そして、【オリュンポス】のアテナ行政総監は、安全保障会議で、すべての国の観測・通信衛星を【オリュンポス】が統合管理して世界の監視力を強化する、『グローバル・セキュリティ・ネット』構想を実現させようとしていた。安全保障会議当日、デュナンとテレウス、そして現場復帰したブリアレオスもまた半身サイボーグのアイアコスとパートナーを組み、警備にあたっていた。すると突如、サイボーグではない人間たちまでもが、暴徒と化して国際会議場を襲撃。ついには、アイアコスまでも、会議場の首脳陣めがけて発砲する。辛うじてアイアコスを食い止めたブリアレオスだったが、信頼する仲間を自らの手で殺してしまう。次第に明らかになる、見えざる犯人たちの目的―未曾有の危機が迫る中、世界の存亡をかけた戦いが始まった。