1998年春。15歳の榊原恒一(山崎賢人)は、大学教授である父親が海外に行っている間だけ、叔母の三神怜子(加藤あい)がいる山間の地方都市・夜見山市で暮らすことになった。転居早々肺に持病を持つ恒一は、発作を起こし倒れてしまうが、幸い担ぎ込まれた病院で回復する。入院中のある日、病院のエレベーターで恒一は制服を着た眼帯の美少女と出会う。思わず見入ってしまう恒一であったが、少女は不可解な言葉を残し、地下の霊安室へと消えてしまう。退院した恒一が夜見山北中学校の3年3組に登校すると、病院で出会った少女・見崎鳴(橋本愛)が教室にいた。恒一は彼女の存在を気にかけるようになるが、どういうわけか彼女は、クラス内で奇妙な扱いを受けていた。クラスメート全員や担任の先生までもが、まるで彼女など存在しないかのように振舞っているのだ。恒一は鳴を問いただそうと追いかけるが、その都度見失ってしまう。そんな中、クラスメートの一人が、恒一と鳴の姿を見て凍りついたように足を止め、その直後、不慮の事故により惨死する。その後、謎めいた図書室司書の千曳辰治(袴田吉彦)が現れ、やがて3年3組のクラスメートとその親族の間で不吉な出来事が次々と起こり、死者が増えていく。まるでクラスの中に死への扉が開いてしまったかのように……。