スイスのベルンにある高校で、古典文献学を受け持つ57歳の教師ライムント・グレゴリウス（ジェレミー・アイアンズ）は、ラテン語とギリシア語に精通する知性と教養に溢れた人物。チェスの名士で、同僚や生徒からも畏敬される存在だった。5年前に離婚してからは独り暮らしで、平凡な毎日の繰り返しだったが、大きな不満もなく過ごしていた。ところがある嵐の朝、その人生は大きく変わることとなる。学校へ向かう途中、吊り橋から飛び降りようとした赤いコートのポルトガル人女性を助けた彼は、彼女が残した一冊の本に目を通す。そこに綴られた一言一句に、ライムントの魂は大きく揺さぶられる。本に挟まれていた切符を届けるために駅に走ると、何かに取りつかれたように衝動的にリスボン行きの夜行列車に飛び乗る。リスボンに到着して真っ先に訪ねたのは、本の著者アマデウ・デ・プラド（ジャック・ヒューストン）の家。さらにその妹や親友を訪ね歩くにつれて、若くして亡くなったアマデウの人生が徐々に明らかになる。独裁体制下の激動の日々を生きた彼の誇りや苦悩、レジスタンスの同志との友情と裏切り、生涯を賭けた情熱的な恋……。アマデウの人生を辿るその旅は、ライムント自身の人生を見つめ直す旅でもあった。そして遂に、アマデウが本を著した本当の理由に辿り着くが……。