東京サミットの開催地となる東京湾の新施設、エッジ・オブ・オーシャン。サミットが開催される5月1日には、2万2千人もの警察官が出動するというこの巨大施設で突如、大規模爆破事件が発生する。そこには、通称“ゼロ”と呼ばれる全国の公安警察を操る警察庁の秘密組織に所属する安室透（声：古谷徹）の影があった。サミット当日ではなく、事前に起きた爆破事件と、秘密裏に動く安室の謎めいた行動に違和感を覚えるコナン（声：高山みなみ）。その時、現場の証拠品に残された指紋が、かつて警視庁に在籍していた毛利小五郎（声：小山力也）のものと一致してしまう。これは何かの陰謀なのか。小五郎の逮捕を巡って敵対するコナンと安室。果たして、謎の存在・安室透は、敵なのか、それとも味方なのか……？