飼い主のケイティと一緒に楽しく穏やかな生活を送るマックスとデューク。ケイティは心優しいチャックと結婚し、息子のリアムを授かる。リアムを我が子のように可愛がるマックスだったが、リアムが完全に安全な状況にあるか常に心配し、過保護になってしまう。ケイティたちと家族旅行に行った先の農場で、威厳あふれる農場犬のリーダー・ルースターと出会い、心配性で臆病なマックスはルースターから大切なものを守るとはどういうことなのかを教わる。しかしそんな中、ある事件が起こり……。旅行に行くマックスから一番のお気に入りのおもちゃ・ミツバチ君を預かったポメラニアンのギジェットだったが、うっかり数十匹の猫が住む部屋に落としてしまう。おもちゃを取り戻すため、クロエに猫になる方法を伝授してもらい、猫屋敷に潜入しようとするが……。一方、飼い主に捨てられた元ペット軍団のリーダーだったスノーボールは、新たな飼い主となった少女と一緒に過ごすうちに、いつしか自分をスーパーヒーローだと思い込むように。そんなスノーボールのもとにシーズーの女の子デイジーがやってきて、悪徳サーカス団に囚われた友達のホワイトタイガー・フーを助けてほしいと訴える。スノーボールとデイジーは、早速フーがいるサーカス小屋に向かう……。