1970年代。最強最悪のボスに仕えることが生きがいのミニオンたちは11歳の少年グルー(声:笑福亭鶴瓶)をミニボスとして崇拝し、彼の元で悪事をはたらく日々を送っていた。グルーは憧れの超極悪組織ヴィシャス・シックスが伝説の悪党でリーダーのワイルド・ナックルズ(声:市村正親)を追放したと知り、新しいメンバーになるために面接を受けようとする。しかしヴィシャス・シックスを出し抜いたことからグルーは彼らの宿敵となり、何者かに連れ去られてしまう。ミニボス救出のために奔走していたケビン、スチュアート、ボブは、鍼灸師でカンフーの達人であるマスター・チャウ(声:渡辺直美)に弟子入りを志願し、カンフーをマスターすることに?! そして幾重もの試練が待つ険しい道に踏み出していく。