孤児として育った10歳の少女・アーヤ（声：平澤宏々路）は、何でも思い通りになる子どもの家で、何不自由なく暮らしていた。そんなアーヤの前に現れたのは、ド派手な女ベラ・ヤーガ（声：寺島しのぶ）と、長身男マンドレーク（声：豊川悦司）という怪しげな二人組。そしてアーヤは、２人の家に引き取られることになる。“私は魔女だよ。あんたを連れてきたのは、手伝いが欲しかったからだ”と告げるベラ・ヤーガに、アーヤはこう返す。“おばさんが私に魔法を教えてくれるなら、おばさんの助手になってあげる”。こうして、魔法を教えてもらうことを条件に、助手として働き始めるアーヤ。だが、こき使われるばかりで、ひとつも魔法を教えてもらえない。生まれて初めて、周りが自分の思い通りにならない事態に直面したアーヤは、魔法の秘密を知る使い魔の黒猫・トーマス（声：濱田岳）の力を借り、反撃を開始するが……。