天下泰平の江戸時代。人々の平和な暮らしの裏側に、限られた者しか存在を知らない特殊部隊【邪魚隊】があった。スリ師の鱗蔵（佐藤流司）、拷問仕掛けの天才・スルメ（橋本祥平）、毒の処方医・鮒右衛門（小柳心）、変装の達人・比売知（廣瀬智紀）からなる邪魚隊は全員が死刑囚。死刑免除と引き換えに、死と隣り合わせの危険な闇仕事を任される隠密部隊である。今回、邪魚隊に下された任務は、謎の集団・お太鼓教へ潜入し“ある物”を盗み出すこと。昨今、江戸の町では人が突然消える事件が続出。それらは人喰い鬼の仕業と恐れられ、一方でお太鼓教の教祖・安食満親（石井一彰）は鬼から人を守る救いの神として崇められていた。だが、将軍・徳川吉宗（永井大）ら幕府はお太鼓教と鬼との関係に疑問を抱いていた。御典医・蓼丸玄庵（輝馬）によると、その“ある物”が、鬼退治に役立つというのだ。そんななか、邪魚隊の前に水野平馬（阿久津仁愛）という堅物侍が現れる。生き別れの姉を探す旅を続けていた平馬だったが、お太鼓教の歌姫・音御前（高田夏帆）こそが姉であると確信。真実を知るため、鱗蔵たちとともにお太鼓教に忍び込む。ところが、平馬の行動が生んだアクシデントにより、鱗蔵たちは安食の側近・多々良（玉城裕規）に捕えられてしまう。さらに、目の前に現れた安食によって、鱗蔵の封印していた過去が甦る。はたして、邪魚隊はお太鼓教の陰謀から江戸の町を救えるのか。人喰い鬼とならず者たちの妖美にして痛快な戦いが今始まる……。