ジャック(エドワード・ノートン)は不眠症に悩まされている。飛行機の中でタイラー(ブラッド・ピット)と言う男と知り合いになる。ジャックがアパートに帰ると部屋は粉々になっており、行くところもないのでジャックのところに泊めてもらう。その際に彼の要望で殴り合いになり、その快感からファイトクラブという組織を作る。
一方不眠症の治療時に知り合ったマーラ(ヘレナ・ボナム・カーター)と言う女性とセックスするが、なにか挙動がおかしい。
タイラーの行動がだんだんエスカレートしていき、街の経済中枢を破壊する計画を実行するようになる。そしてそれを止めようとするジャックだが、警察にもファイトクラブのメンバーがおり、拘束されそうになる。命からがら逃げるが、アジトに着いてみるとテイラーがいる。実はテイラーはジャックの二重人格のかたわれだったのだ。
とても奇妙なシチュエーションの映画である。二重人格者なので、他人からは一人に見える。そこに本人は気がつかないで、あくまでも二人として行動している。
現状の生活に満足できない男が、そこから逃げ出すために抱いた妄想が現実化していくわけだ。