1560年末、インディオたちが語る伝説の国、黄金郷エル・ドラド発見のためスペインの征服者たちがアマゾンの奥地めざしてアンデス山脈最後の峠を越えていた。峻険な山道、処女林、沼地が彼らを待っている。隊長ゴンザロ・ピサロは、周囲の状況、地理を調査するため40人ほどの分遣隊を組織し、ペドロ・デ・ウルスア（ルイ・グエッラ）を分遣隊長に任命した。副官はドン・ロペ・デ・アギーレ（クラウス・キンスキー）。兵士の他にウルスアの愛人イネス（エレナ・ロホ）、15歳になるアギーレの娘フロレス（セシリア・リヴェーラ）、僧ガスパル・デ・カルヴァハル（Ｄ・ネグロ）、貴族のドン・フェルナンド・デ・グズマン（ペーター・ベルリング）も一緒だった。1561年ｌ月4日。三隻の筏に分乗したアギーレたちは、エル・ドラドめざして川を下り始めた。一隻が渦に巻き込まれたが、助けることもできず、ただながめているだけ。ようやく救助に行った時には、兵士はインディオに惨殺されていた。8日、増水のため筏が流されてしまい、アギーレは新たに筏を作るように命じた。しかし、ウルスアは本隊へもどることを主張。アギーレはウルスアを射つ。負傷したウルスアは反抗もかなわず、アギーレはグズマンをエル・ドラド国の皇帝に任命した。もち論、彼はアギーレの傀儡にすぎなかった。12日、新しい筏に全員が乗り込んで出発。途中、川べりの村が燃えていたので上陸した。彼らが見たのは人間の骸骨が散乱する異常な風景であった。20日、流れがとまり、兵士たちは物心両面で衰弱し始める。24日、男女二人のインディオが接近してきた。友好的にみえたが、カルヴァハルがさし出した聖書を二人が放り出すと、スペイン人は二人を惨殺。食糧が底をついた。グズマン一人が食事を楽しんでいたが、やがて彼も兵士に首をしめられて死亡する。アギーレはウルスアを処刑した。人喰い人種と戦い、その際中に、イネスは自ら森の中に消えてゆく。2月1日、インディオの放つ槍、矢のため兵士は続々と生命をおとす。ただ一人、アギーレだけがエル・ドラドを夢みていた。22日、熱病が兵士たちを襲う。姿をみせぬ敵の奇襲により、カルヴァハルもフロレスも死亡。ただ一人の生存者となったアギーレは、むなしく自分に語りかける。「これほど偉大な反逆があるだろうか。やがて新世界のすべてを奪おう。神の怒りである俺は、神話の通り自分の娘と結婚して、地上にかつてなかった大帝国を打ちたてるぞ」と。