戦国乱世の頃、瀬戸内海を根城に遠く明国、朝鮮、ルソン、シャムの諸国に八幡船は船首に八幡題菩薩の旗印をかかげ、交易、通商に雄飛した。永禄四年、貿易港堺の船問屋壷屋道休の息子鹿門は、廓からの帰途八幡船の男たち黒白斎や小伝馬に囲まれ、八幡船の旗頭で佐和山城主礎野丹後守の遺児だといわれた。道休は丹後守を裏切り、八幡船の一つめくら船を奪った張本人だという。鹿門は信じなかった。八幡船の動きを知った道休は、財宝を淡路丸に積んで脱出を企んだ。が、軍兵のために殺され、船は行万不明になった。黒白斉は鹿門が乗船を断ったので、彼を失神させ青影丸に拉致した。気がついた時は海上で、鹿門は村上水軍の若大将新蔵人と言い争ったがムダだった。青影丸は村上水軍の本拠地因ノ島に入港、鹿門は頭領村上入道に会った。彼は父の遺志を継ぎ、ニセ八幡船を射てと説いた。淡路丸とともに行方不明の妹小静を案ずる鹿門は、二代目頭目として彼を慕う島民の心を考え、心がゆらいた。父母兄弟を殺された琉球娘謝花はニセめくら船の非道を訴えた。ある日、淡路丸が房った。船内は死体の山で、小静はいなかった。鹿門は決心した。八幡大菩薩の旗印をかかげためくら船、青影丸、住吉丸は出発した。新蔵人の妹寿賀と謝花も同行した。南下する途中、右衛門太夫のニセめくら船をみつけたが、交戦して逃がした。船団は修理のため貝殻島に寄港した。男まさりの寿費はいつしか鹿門に惹かれ、謝花も新蔵人を慕うようになった。突然、狂暴なバランガ族が襲撃して来た。伝馬の機転でこれを撃退、鹿門の捕えた敵将陳赤竜はニセめくら船が島に入港しているといった。勇躍した鹿門、新蔵人らは捨身の攻撃をかけた。激闘の末、鹿門は右衛門太夫を射ち、父の恨みを晴らした。小静も無事だった。鹿門の号令一下、八幡船団は追風に帆をあげ、一路故国に向け出発した。