稗田礼二郎は考古学の新進気鋭の学者として知られていたが、ある学説を唱え始めてからは、ほとんどその存在は忘れ去られようとしていた。そんな稗田のもとへ、義兄で中学校教師の八部から、古代人が悪霊を静めるために造った古墳を発見したという手紙が届く。さっそく現地へと向かう稗田だったが、八部の姿はなく、それどころか教え子の令子と共に謎の失踪事件を起こしていた。一方、夏休みでだれもいない学校では、八部の息子のまさおが友達を連れだって、父親の行方を探していた。そこで令子の姿を見たまさおは、不思議な雰囲気に包まれ、何やら得体の知れない生物が徊回し、まさおの背中が煙をあげて急に痛みだした。そして、そんな危機に陥ったまさおを救ったのは稗田だった。稗田とまさおは妖怪退治の武器を手に暗い構内を探索する。そこには血の海とおぞましい首なし死体があった。彼らの恐怖感がつのる中、静かな女の歌声が聞こえてくる。それは令子の声だった。しかし、彼らの前に現れたのは、首だけのヒルコとなった令子の姿だった。調理室は地獄絵を見るような惨劇となった。そして何とかヒルコの魔手から逃れた二人は、偶然八部が書いたヒルコ古墳ノートを発見する。そのノートには、古墳を開けるためには呪文が必要であると書かれていた。ヒルコを捕まえ、封じ込めなければ大変なことになると知った稗田は、不気味な形相をした用務員・渡辺からこの土地の秘密を聞き出すが、自分もヒルコに変身していくのをさとった渡辺は自殺してしまう。古墳の絵図からその中心は学校にあり、その入口は用具置場にあることを説き明かした稗田は、ようやく石櫃にたどりついた。その扉の中に足を踏み入れた二人は、そこでヒルコに変身していく八部の姿を見る。そして無数のヒルコが襲いかかってきた。稗田とまさおは、悪魔を封じ込める呪文をとなえながらヒルコと死闘の末、危機を脱するのだった。