一九九九年、PKFNI参加した陸上自衛隊レイバー小隊が、東南アジア某国において全滅した――。それから数年後の東京。突如戦闘機F‐61が横浜ベイブリッジを爆破したが、報道ではそれが自衛隊機であったと告げられた。民衆は自衛隊への不信感をつのらせていく。特車二課第二小隊の後藤隊長は、事件の背後に九九年のPKFで行方不明となった柘植の存在を察知する。柘植は、第一小隊隊長の南雲しのぶの元恋人でもあった。民衆の不信感はピークに達し、東京はついに警察を主に臨戦態勢を敷いていく。自衛隊の女王部員・荒川の情報を基に柘植を追う後藤と南雲は、政治的圧力から逮捕命令が出され、逃走。今は散り散りになっていた旧特車二課の泉、篠原らメンバーを招集し、パトレイバーを発信させ、柘植の本拠地を突き止める。突き止めるの起こした行動は、東京の街を舞台にした戦争勃発のシュミレーションでしかなかった。なぜそのような行動を？ 柘植は無言で南雲の手によって手錠をかけられた。