1614年。初代・服部半蔵との約定で、長きに渡って戦うことを禁じられ、憎しみ合って来た忍者の二大勢力・伊賀と甲賀。だが、伊賀“鍔隠れの里”の党首・お幻の孫である朧と、甲賀“卍谷”の党首・弾正の跡継ぎ・弦之介は、互いの身分を知ることなく出会い、秘かな愛を育んでいた。そんなふたりに悲劇が起こる。天下人・徳川家康の命によって、伊賀と甲賀、5対5の忍術合戦を強いられたのだ。しかも、その結果次第で次期将軍を決すると言う。かくして、各5人の精鋭のうちのひとりに選ばれた朧と弦之介は、敵同士として戦う破目になるが、実はその指令の裏には、天下統一、泰平の世を目指す家康と側近・南光坊天海の、“忍の根絶やし”と言う真の目的が隠されていた。ただひとりそれを洞見し、戦いを回避させようとする弦之介。しかし、伊賀甲賀争忍の禁は解かれ壮絶な戦いが展開、伊賀の鍵爪を武器とする野生児・蓑念鬼、糸で敵を切り裂く夜叉丸、毒蛾を操る少女・蛍火、冷徹な策士・薬師寺天膳、甲賀の先読みに長けた盲目の室賀豹馬、棒手裏剣の名手・筑摩小四郎、何人にも姿を変える如月左衛門、体内で猛毒を発生させる妖艶な美女・陽炎が、次々と命を落としていった。そして、朧と弦之介の宿命の対決――弦之介は、朧に両里の命運を託すと、彼女にわざと刺され絶命した。こうして、最後まで生き残り駿府へと上がった朧は、弦之介の遺志を全うすべく、時を同じくして開始された双方の里への攻撃を中止してくれるよう家康に上申するが、果たして、彼女の願いは自ら両目を潰し秘術を封印することによって聞き入れられ、その後、265年続いた徳川の世をふたつの里は生き抜いたのであった。