核戦争後の荒れ果てた世界。一子相伝・北斗神拳の伝承者ケンシロウ（声：阿部寛）はその拳をもって弱き者のために戦い続けていた。一方、その暴力の荒野に自らを拳王と名乗る覇者が現れた。その名はラオウ（声：宇梶剛士）。ケンシロウの兄だった。彼は暴力と恐怖により民衆を支配しようとする。北斗神拳伝承者の誇りをかけたケンシロウとラオウは、敵対せざるを得ない運命にあった。そんなある時、ラオウの前に鉄仮面で素顔を隠した「南斗最後の将」を名乗る謎の人物、そしてその将に従う「義勇軍」が立ちふさがった。「南斗最後の将」を守る炎のシュレン、山のフドウ、海のリハクら、「南斗五車星」は、愛と哀しみを背負って民衆と共に暴力と戦い続けてきたケンシロウを救世主とし、拳王軍に立ち向かおうとする。ケンシロウは山のフドウに出会い、義勇軍とともにラオウに挑むことを決意した。一方、ラオウは自分が倒した義父・リュウケンの亡霊に悩まされていた。リュウケンは今のラオウではケンシロウに勝てぬこと、ラオウの覇業が脆いものであることを告げる。だが、あくまで覇業の大義が自らにあると信じて疑わないラオウは、全軍を持って「南斗最後の将」の居城に向かった。そして、その正体がかつて愛した女ユリア（声：石田ゆり子）であったことを知る。ケンシロウも、まだユリアが生きていたことを知り、彼女を助けるために駆けつけた。こうして北斗の兄弟は、宿命によって否応無く最後の闘いへと導かれるのだった。