〈第1部：たたかえ！電人ザボーガー！〉国会議員ばかりが次々に狙われるという事件が発生。次の標的は若杉議員(木下ほうか)であるとの犯行予告を受け、万全の警備を敷いていた警視庁の新田警部(渡辺裕之)らの前に、サイボーグ組織Σ(シグマ)のメンバー、ミスボーグ(山崎真実)が現れた。彼女が率いるロボット、ヨロイデスに襲われ、若杉議員に危険が迫ったその時、颯爽と登場する影がひとつ……。秘密刑事、大門豊(古原靖久)とその相棒、電人ザボーガーであった。ヨロイデスを倒され、一度は撤退したものの、なおも執拗に若杉議員をつけ狙うΣ(シグマ)。大門はザボーガーとともに再び出撃し、その野望を打ち砕くが、壮絶な闘いの中、大門とミスボーグの間には敵味方を超えた奇妙な絆が生まれる。しかし、それがすべての悲劇の始まりであった……。〈第2部：耐えろ大門！人生の海に！〉25年後。ザボーガーを失い、秘密刑事も退職した大門(板尾創路)は、今は総理大臣となった若杉の運転手を務めていたが、ついにその職も失い無一文となってしまう。そんな彼の前に現れたのはΣの新たな幹部、秋月玄(宮下雄也)と、Σからの脱走者・AKIKO(佐津川愛美)だった。糖尿病に悩まされ、戦うことも覚束ない大門であったが、そんな彼に追い打ちをかけるように姿を見せたのは、傷だらけになりΣの手先と化したザボーガーだった……。