2013年8月11日午前7時。太平洋の深海から突如現れた謎の巨大生命体によって、まずサンフランシスコ湾が襲撃された。打つ手のないまま3つの都市がわずか6日間で壊滅、人類は絶滅の危機に晒される。人類に残された道は“絶滅”するか“戦う”かのふたつしかない。そんな中、環太平洋沿岸(パシフィック・リム)諸国は、PPDC(パン・パシフィック・ディフェンス・コープ)を設立、専門家たちの英知を結集して人型巨大兵器“イェーガー”を開発する。だが、人類をあざ笑うかのように、巨大生命体は次々と海底から姿を現し、破壊を繰り返す。巨大生命体の侵攻を食い止めるため、そして人類存続のため、モリ・マコ(菊地凛子)ら選ばれたパイロットたちは“イェーガー”に乗り込んでいくのだった……。