犯罪組織フット軍団が日に日に勢力を拡大するニューヨーク。チャンネル6のTVレポーター、エイプリル(ミーガン・フォックス)は、スクープをモノにしようとフット軍団を追いかけていた港で衝撃の光景を目撃する。闇にまぎれて突然現れた何者かが、フット軍団を叩きのめしたのだ。だが決定的瞬間をカメラで捉えることができず、上司のトンプソン(ウーピー・ゴールドバーグ)にも信じてもらえない。そんな中、ニューヨーク市は犯罪対策として、サックス社との契約を更新。エイプリルの亡き父オニール博士は、社の代表であるサックス(ウィリアム・フィクトナー)とかつて同じ研究所で働いていたが、フット軍団に火を放たれて命を落としていた。ある夜、フット軍団が地下鉄の駅を襲撃。エイプリルが駆けつけるとまたしても正義の味方が現れる。ニンジャの技で軍団をブッ飛ばし、SWATの到着と共に退却する彼らを追いかけ撮影に成功したエイプリルは、フラッシュに気付いた彼らを間近で見て気絶してしまう。4人のヒーローの正体は、人間の言葉を話す身長180cmのカメだった。レオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテロという名のニンジャで、ミュータントでティーンエイジャーのタートルズ。意識を取り戻したエイプリルはその名を聞いて、亡き父との研究所での過去の記憶がぼんやりと蘇るのだった……。地下の隠れ家へ帰ったタートルズは、勝手な行動を取ったことを師匠のスプリンターに叱られ、エイプリルを捜せと命じられる。タートルズに呼び出されたエイプリルに、スプリンターの口から彼女の父の死の真相が語られようとしたその時、フット軍団が現れる。タートルズとフット軍団の宿命のバトルが幕を開けた……。