1933（昭和8）年。日本は欧米列強との対立を深め、軍拡路線を進み始める。海軍省は秘密裏に世界最大の戦艦・大和の建造を計画。海軍少将・山本五十六（舘ひろし）はこれからの戦いに必要なのは航空母艦だと進言したものの、世界に誇れる壮大さこそ必要だと考える上層部は、戦艦大和の建造を支持。巨大戦艦の建造がいかに国家予算の無駄遣いか算出し、その裏に隠された不正を暴くことで計画を打ち崩そうと考えた山本は、軍部の息がかかっていない協力者として、100年に1人の天才と言われる元帝国大学の数学者・櫂直（菅田将暉）に目をつけた。数学を偏愛し大の軍隊嫌いという一筋縄ではいかない変わり者の櫂は頑なに協力を拒んでいたものの、巨大戦艦を建造すればその力を過信した日本は必ず戦争を始めるという山本の言葉に動かされる。戦艦に関する一切の情報は建造推進派の者たちが秘匿。同調圧力と妨害工作の中、櫂は帝国海軍という巨大な権力の中枢に飛び込んでいく。