10,190 年、 銀河系は分裂した。人類が地球以外の惑星に移住して宇宙帝国を築いたこの世界では、1つの惑星を1つの大領家が治める厳格な身分制度が敷かれていた。レト・アトレイデス公爵は皇帝の命を受けて、砂の惑星デューンを治めることになる。そこは抗老化作用の他、宇宙を支配する秘薬“メランジ”の唯一の生産地。アトレイデス家には莫大な利益がもたらされるはずだった。しかし妻のジェシカと息子のポールを連れてデューンに乗り込んだレト公爵を待っていたのはメランジの採掘権を持つ宿敵ハルコンネン家と皇帝が結託した陰謀。壮絶な戦いで父を殺され地位を追われたポールは、現地の自由民フレメンの中に紛れて力をつけ、帝国に対する革命を起こす決意を固める。すべてを飲み込む巨大なサンドワームが存在する意味とは何か、そしてすべてを託されたポールの運命とは。