愛国主義全盛の時代。王国の兵士たちが今まさに、戦地に赴こうとしている。銃には花が飾られ、歓呼の中を行進する兵士たち。荒地には、美女の心臓をとって喰らうという魔法使い、ハウルの動く城まで現れていた。そんな町から離れて歩く、ひとりの少女がいた。少女ソフィー(声:倍賞千恵子)は18歳。荒地の裾野に広がる町で生まれ育ち、亡き父の遺した帽子屋を切り盛りしている。妹のレティーは八方美人で人当たりも良く、街いちばんのカフェ、チェザーリの看板娘。ソフィーは妹によくこう言われる。「本当に帽子屋になりたいの？」。でも、生真面目なソフィーには、コツコツと働くしかやることがない。たまにひとりになると、自分が本当は何をやりたいのか。本当にやりたいことなんてあるのか、と考えてしまう娘だった。ソフィーはある日、街で美貌の青年・ハウル(木村拓哉)と出会う。何かに追われているらしいハウルは、ソフィーと共に天へ舞い上がったかと思うと、束の間の空中散歩にソフィーをいざなう。まるで夢のような出来事に、心を奪われるソフィー。しかしその夜、ソフィーは荒地の魔女(美輪明宏)と名乗る不気味な風貌の魔女に呪いをかけられ、なんと90歳のおばあちゃんに姿を変えられてしまうのだった。このままでは家にはいられない…。ソフィーは荷物をまとめ、人里離れた荒地を目指し、ハウルの動く城に潜り込む。実はハウルは、ジェンキンス、ペンドラゴンの名を使い分ける、天才的な才能を持つ魔法使い。強大な力を持ちながら、王宮からの再三の招請にも応じず、動く城の中で毎日を無為に過ごしていた。かつてはキングズベリーの王室にいたこともあったらしいが、それも昔の話である。動く城にはハウルのほかに、ハウルと契約を結び、暖炉に縛りつけられているらしい火の悪魔カルシファー(我修院達也)、ハウルの幼い弟子マルクル(神木隆之介)が住んでいた。身寄りのないマルクルは、師匠ハウルに代わって城へやってくる市民や王宮からの使いに対応している。一方カルシファーはソフィーに、契約の秘密を見破ってくれれば、元の姿に戻してやる、と取引を持ちかける。こんな面々とともに、ソフィーの新生活が始まるが……。