スーパーパワーを持つ“スーパーヒーロー”を育てる空の上の学校、“スカイ・ハイ”に、特殊能力に恵まれた少年少女たちが新入生として入学する。その中には、有名なスーパーヒーロー夫婦、ザ・コマンダー（カート・ラッセル）とジェットストリーム（ケリー・プレストン）のひとり息子、ウィル（マイケル・アンガラノ）もいた。各自のスーパーパワーを披露し、“ヒーロー”組とそれをサポートする役目の“サイドキック”組に振り分けるクラス分けの実技テストが始まる。炎を放つ者、体を自由自在に変化する者、モルモットに変身する者など、各々が自慢のスーパーパワーを披露し、人気者のヒーロー組とオチコボレのサイドキック組に分けられていく中、ウィルは落ち着かない。何故なら、ウィルには未だにスーパーパワーが備わっていなかったのだ。テストの結果、サイドキック組に振り分けられてしまったウィルだが、その事実を両親には話せないでいた。いじわるな体育教師、ス―パーパワーを使ういじめっ子、そして両親からの期待など悩みを抱えつつも、ウィルはスカイ・ハイでの学園生活をスタートする。しかし、邪悪な者の策略による危機がスカイ・ハイに迫っていた。