1930年、9月。エリオット・ネス（ケヴィン・コスナー）が、財務省から、ここシカゴに特別調査官として派遣されてきた。禁酒法下のシカゴでは密造酒ともぐり酒場は実に10億ドル市場といわれ、ギャングたちの縄張り争いは次第にエスカレートし、マシンガンや手榴弾が市民の生活を脅やかしていた。中でもアル・カポネ（ロバート・デ・ニーロ）のやり方はすさまじく、シカゴのボスとして君臨していた。カポネ逮捕の使命感に燃えるネスは、しかし警察の上層部にも通じているカポネがそう簡単には手に落ちないことを実感する。彼には部下が必要だった。そんな彼に、初老の警官ジミー・マローン（ショーン・コネリー）が協力することになる。多くの修羅場をくぐってきたマローンから、ネスは多くのことを学んだ。家族を愛するネスにとって、独身の仲間は好もしかった。家族を危険にさらされるのはネスには耐えられないことだ。やがて、警察学校からの優秀な若者ジョージ・ストーン（アンディ・ガルシア）がスカウトされてやってくる。さらに本省からは、ネスの部下としてオスカー・ウォレス（チャールズ・マーティン・スミス）が派遣されてくる。巨大なシンジケートをかかえるカポネと、ネスら4人との対決が始まった。最初の摘発は郵便局だ。彼ら4人が散弾銃を片手に摘発し、翌日の新聞では、初めての大量逮捕を大きく取り上げ、彼らは“アンタッチャブル”（手出しのできぬ奴ら）という異名を馳せる。だが、そのことは、カポネの怒りを買い、カポネの右腕と呼ばれる殺し屋フランク・ニティ（ビリー・ドラゴ）がネスの身辺に現われる。妻キャサリン（パトリシア・クラークソン）と愛娘の安全を苦慮したネスは家族を直ちに脱出させた。アンタッチャブルの捜査は続き、ネスは、シンジケートの帳簿を手に入れる。それこそカポネに致命的なダメージを与える証拠となるものだった。しかし肝心の部分は判読出来ない暗号になっていた。彼らの執拗な捜査に怒るカポネはアンタッチャブルを抹殺することを命令する。告訴の準備が行なわれている間、エレベーターの中でウォレスと証人が殺された。やがて帳簿係をマローンがつきとめるが、その直後、マローンが殺された。深夜の駅。ついに証人が現われた。しかしその直後、激しい銃撃戦が展開され、彼は死んだ。シカゴ最大の贈賄事件に発展したこの裁判の判決の日。カポネはなぜか余裕たっぷりだ。賠審員全員がカポネに買収されていたのだ。愕然とするネス。しかし、最後まで彼は諦めない。ジョージはネスに殺し屋のニティがマローンを殺したのだと告げ、彼の持ち物からその証拠を見つける。裁判所のらせん階段の上に逃げるニティ。ついにニティを倒したネスは、さらに裁判長に、買収されている賠審員たちを全員変えることを希望する。受け入れない裁判長を、うまい口実を使って可能にさせるネス。怒ったカポネは、そこでネスと真っ向から対決することになる。ネスはカポネに断言する。「勝負は最後まで分からない」。事務所に戻ったネスは、ジョージと共にすべてが終わったことを実感するのだった。