天才ハッカーによる囚人脱獄事件が勃発。だが、犯人の鏑木徹（ユースケ・サンタマリア）は焼死体として発見された。殺人の容疑者として逮捕されたのは、警視庁科学特捜班“ST”のリーダー、赤城左門（藤原竜也）だった。罪を認めた赤城は、その理由を“鏑木は許し難いことをした”と語った。“許し難いこと”とは、一体何なのか？その真意が分からないまま、リーダー不在でSTは解散する羽目に。だが、赤城は拘置所から脱走。警察は追跡のために青山（志田未来）、結城（芦名星）、黒崎（窪田正孝）、山吹（三宅弘城）ら、STメンバーを招集する。皮肉にも、STは赤城を捕まえるために特別復活することとなったのだ。最高のチームが最大の敵となり、赤城対STの追跡劇が始まる。異動を2日後に控えたSTの責任者、百合根友久（岡田将生）も、赤城の無実を信じて捜査に参加、事件のカギを探り当てる。それは“フギン”という、感染したコンピューターから情報を抜き取るサイバー暴露ウィルスだった。やがて、事情を知る謎の女・堂島菜緒美（安達祐実）に行きつくが、一足早く何者かが彼女を誘拐。取り残された菜緒美の娘・椿（鈴木梨央）と行動を共にする百合根の前に、赤城が現れる……。張り巡らされた警察の包囲網の中、事件を追うことになったバディ。百合根は赤城の真実を知ることができるのか？そして、複雑に絡み合う事件の謎を解くことはできるのか……？