“この美しい村は大きく変わるかもしれません”。1910年、茨城県久慈郡入四間の裕福な地主の家に育った関根三郎（井手麻渡）は、ノルウェー人の鉱山技師からそう告げられる。隣村の日立鉱山が大量の銅を生産しているため、煙害が拡大するだろうというのだ。鉱山から出る黄色い煙は亜硫酸ガスで、松や杉、栗に蕎麦、大麦小麦など、植物から作物まで何もかも枯らしてしまう。村の有力者である三郎の祖父・兵馬（仲代達矢）は事態を重く見て、分家の恒吉（伊嵜充則）と共に鉱山会社と掛け合うが、“補償はするが、煙害は我慢してくれ”と告げられる。第一高等学校の受験を控えた三郎に心配かけまいとする兵馬だったが、ある夜、“お前にまだ伝えていないことがある”と重い口を開く。30年ほど前、村長として採掘の許可を出したのは兵馬だったのだ。権利料で村が潤い、農家の次男、三男の働き口にもなると踏んでのことだったが、今となっては深く後悔していた。“止めねばならん。煙害を、わが関根家の手で”と、遺言のように三郎に告げた直後、兵馬は倒れ、5日後に亡くなってしまう。兵馬の遺志を継ぎ、進学も外交官になる夢も捨て、煙害と闘うことを決意する三郎。だが、その前には様々な困難が待ち受けていた……。