二百万光年の宇宙の彼方、アンドロメダ星雲ではセレクト星とフユレス星の熾烈な戦争が続き、勝利を握ったセレクト星は、太陽系をブラックホールと化そうとする恐るべき計画をたてていた。地球内部のマントルやマグマに核爆発を起こさせ、引力だけを残し、宇宙の落とし穴にしようという計画である。セレクト星から地球に送りこまれた総裁Ｘは、秘密軍団ギャラクターを組織し攻撃を開始した。凄絶な戦いを挑まれた地球では、国際科学技術庁の南部博士が、科学忍者隊に指令を送った。健たち五人の科学忍者隊が大空に舞い上がる。五人はゴッド・フェニックスに乗り込み、火の鳥に姿をかえると、総裁Ｘやギャラクター組織に反撃を開始した。