グァム島沖で消息を絶った米原子力潜水艦の捜索に向かった防衛海軍が、海底でゴジラと思われる生物を発見した。48年前、ゴジラの上陸で家族を失った防衛軍の立花准将は、ゴジラ襲来を警戒するよう軍上層部に促すも、平和に慣れきった軍は自らの兵力を過信し、立花の言葉を黙殺する。同じ頃、日本各地で若者たちが何物かに襲撃されるという事件が起こっていた。BS放送局デジタルQのB級オカルト番組のリポーターで、立花の娘である由里は、友人でサイエンス・ライターの武田が持って来た護國聖獣傳記にあるバラゴン（婆羅護吽）、モスラ（最珠羅）、ギドラ（魏怒羅）の日本古来の怪獣が眠っている場所と事件発生現場が一致していることを掴み、調査を開始。謎の老人・伊佐山からゴジラは太平洋戦争で命を散らした人々の残留思念＝怨念の集合体であること、ゴジラから大和の国を護るべく聖獣たちが永い深い眠りから覚醒するであろうことなどを聞き出すのであった。そんな矢先、ゴジラが焼津に上陸。更にバラゴンが地中から出現し、ふたつの怪獣が箱根で激突する。だがバラゴンは以前よりパワーアップしているゴジラの敵ではなく、バラゴンを倒したゴジラは東京へ移動を始めた。やがて、ゴジラは横浜に出現した。迎え撃つモスラとギドラは、壮絶なバトルを展開。しかし、ギドラもモスラの力を借りてキングギドラへと姿を変えるも、遂に力尽きてしまう。ところがその時、3聖獣が光となってゴジラを海中へと引きずり込んだ。ゴジラを撃退するには聖獣と共に戦うしかないと考え、D-03ミサイルを搭載した特殊潜航艇さつまに乗り込んでいた立花准将は、この時をチャンスとばかりさつまもろともゴジラの体内へと突っ込んで行く。そんな父親の姿に心打たれた由里は、報道へのプロ意識に目覚めゴジラとの戦いを最後まで放送することを決意し、レポートを続けた。そして、ゴジラの体内D-03を発射し、ゴジラを倒すことに成功した立花准将は、無事、生還を果たす。だが、海の底では死んだ筈のゴジラの心臓がまだ鼓動を続けていたのである。