近未来の日本。国家による思想検閲やメディア規制が広まるのに対抗し、読書の自由を守るために図書館の自衛組織・図書隊が結成される。読みたい本を取り上げられそうになったところを図書隊隊員に助けてもらった笠原郁(榮倉奈々)は、その隊員に憧れ自ら図書隊に入隊。特殊部隊タスクフォースに所属され、非常に厳しい教官・堂上篤(岡田准一)や上官の小牧幹久(田中圭)、手塚光(福士蒼汰)や柴崎麻子(栗山千明)といった同期の仲間らとともに過酷な訓練と図書館業務にあたっていた。ある日堂上らのもとに、1冊しか現存していない自由の象徴である『図書館法規要覧』が展示される『芸術の祭典』の会場警備をするよう指令が下る。しかしこれは図書隊を解散させ社会を正そうとする手塚の兄・慧(松坂桃李)が仕組んだ罠で、検閲実行部隊『良化隊』による急襲を受けたタスクフォースは窮地に陥る……。