1934年。語学力と情報網を武器に外交官・杉原千畝(唐沢寿明)はソ連北満州鉄道譲渡の交渉を成立させる。その一方で仲間を失い、千畝自身彼を警戒するソ連から『ペルソナ・ノン・グラータ(歓迎されざる人物)』に指定され入国拒否されてしまう。千畝は在モスクワ大使館への赴任を希望していたものの叶わず、外務省よりリトアニア・カウナスにある日本領事館での勤務を命じられる。1939年、千畝は新たな相棒ペシュとリトアニアで諜報活動を開始。情報を収集し激動のヨーロッパ情勢を分析、日本に発信していく。やがてナチスドイツがポーランドに侵攻し第二次世界大戦が勃発。ナチスの迫害から逃れようと通過ビザを求めるユダヤ難民がカウナスの日本領事館へ大挙する。その数は日に日に増していき、彼らの置かれた状況を知る千畝は日本政府からの了承がないまま難民たちに通過ビザを発給するが……。