国家中枢には、国民の魂と引き換えに完全な存在になろうと企てる“お父様”（内野聖陽）と呼ばれるホーエンハイムと見た目が全く同じ謎の男が潜んでいた。エド（山田涼介）とアルがこれまで戦ってきたホムンクルスは、お父様の力によって生み出されたのであった。軍の暗部に立ち向かうエドとアルの兄弟、マスタング（ディーン・フジオカ）たち。賢者の石を求めるシンからの来訪者は共闘し、この陰謀を阻止できるのか。そして全ての鍵を握るエドとアルの父親の正体とは……。かつて幼い頃に亡くした母親を蘇らせようと行った錬金術の禁忌とされる人体錬成により、失われた身体を取り戻そうとする兄弟が最後に出した答えとは……。