1461年、応仁の乱前夜の京(みやこ)。大飢饉と疫病が同時にこの国を襲い、加茂川付近にはたった2ヶ月で8万を超える死体が積まれ、人身売買、奴隷労働が横行していた。だが、時の権力者は無能で享楽の日々を過ごすばかり。貨幣経済が進み、富める者はより一層富み、かつてない格差社会となっていた。己の腕と才覚だけで混沌の世を泳ぐ自由人の蓮田兵衛は、密かに倒幕と世直しを画策する無頼人。京とその周辺の悲惨な状況と窮民を見た兵衛は、立ち上がる時を狙っていた。一方、才蔵は武術の才能を秘めながらも天涯孤独で夢も希望もない日々を送っていた。兵衛は才三を見出し、鍛え、手下にしたのをはじめとし、抜刀術の達人、槍使い、金棒の怪力男、洋弓の朝鮮娘ら、個性たっぷりのアウトローたちを束ねていく兵衛。かつての悪友・骨皮道賢率いる幕府軍が立ちはだかるなか、兵衛はついに巨大な権力に対して空前の大暴動を仕掛ける。