宇宙移民が開始された宇宙世紀0001。新たな時代の幕開けのセレモニーが行われていた地球連邦政府首相官邸の宇宙ステーション“ラプラス”が、爆破テロによって粉々に砕け散る。貧困からテロに加わった青年サイアムは、ラプラスの残骸の中からあるものを発見する。それは後に、“ラプラスの箱”と呼ばれることになる禁断の箱だった。その正体を知るものがほとんどいないまま、“ラプラスの箱”はサイアムの元で眠り続けた。宇宙世紀0096。建設中の工業用スペースコロニー“インダストリアル7”で父を知らずに育った工業専門学校の学生バナージ・リンクス（内山昂輝）は、ふとしたきっかけから、偽装貨物船で密航してきた少女オードリー・バーン（藤村歩）の命を救う。と同時に、稼動試験を繰り返す白いモビルスーツ“ユニコーン”に遭遇。地球圏を統治する地球連邦政府、仮面の男フル・フロンタル（池田秀一）率いる反政府勢力ネオ・ジオン残党、そして地球連邦政府に影響力を持つビスト財団。様々な人々の思惑が絡み合う中、バナージは極秘裏に開発されていたユニコーンと“ラプラスの箱”を巡る争いに巻き込まれてゆく。“ラプラスの箱”とは何か、そしてその秘密とは……？宇宙世紀100年の呪いが、次第に明らかになってゆく……。