郡奉行だった戸田秋谷（役所広司）は藩主の側室との不義密通および小姓を斬り捨てたことにより10年後の切腹とそれまでの間に藩の歴史である藩主・三浦家の家譜を編さんし完成させるよう命じられる。それから7年後、刃傷沙汰を起こしてしまったものの家老・中根兵右衛門の温情により切腹を免れた檀野庄三郎（岡田准一）は、幽閉中の秋谷の監視役を命じられる。監視の内容は、藩の秘め事を知る秋谷が７年前の事件を家譜にどう書くか報告し、秋谷が逃亡のそぶりを見せた場合には妻子ともども始末するというものだった。はじめは秋谷のことを懐疑的に思う庄三郎だったが、編さん途中の三浦家譜と『蜩ノ記』と名づけられた秋谷の日記には、前藩主の言葉を守り事実のまま書き留め、切腹が迫りつつも編さんに誠実に向き合い一日一日を大切に生きる彼の姿があり、感銘を受ける。そして7年前に一体何が起きたのか、事の真相を追ううちに、彼の人間性に魅せられていく。秋谷に深い愛情と信頼を寄せる妻・織江（原田美枝子）や心の清らかな娘・薫（堀北真希）らとともに暮らす中で、いつしか庄三郎と薫との間に恋が芽生えていた。やがて庄三郎は不義密通事件の真相に辿り着き、事件の謎を解く文書を入手するが、そこには藩を揺るがすようなことが記されていた……。