一九××年。日本は異常な温暖異変に襲われていた。××放送「20世紀の神話」取材班進藤、直子は、この異常現象をテーマにキャンペーンをしようと連日大奮闘。そんなとき、金星人を自称する女予言者、サルノ王女が現れ、地球の大変動を告げた。サルノ王女の予言は当った。阿蘇火山からラドンが復活し、北極海からはゴジラが眠りからさめ行動を開始した。そして、さらに金星を死の星とした宇宙怪獣キングギドラが現れ、地球は大混乱におちいった。キングギドラの誕生をまのあたりに見た帝都工大の村井助教授は、キングギドラを撃退するには、モスラ、ゴジラ、ラドンらの力を借りる以外にないと考え、モスラの支配者、インファント島の小美人に協力をたのんだ。一方横浜に上陸したゴジラは横浜を全滅させ、ラドンと松本市で対決し、さらに小競合を続けながら富士山頂近くでにらみあっていた。が、そこに割って入ったのが小美人の要請でインファン島からやって来たモスラである。モスラの仲裁にもかかわらず、ゴジラとラドンの敵対心を柔らげることはできなかった。モスラは単身キングギドラに向った。しかしモスラもキングギドラの敵では無く、危機におちいった。が、モスラ危しとみたゴジラとラドンは、力を合せてキングギドラにむかった。さすがのキングギドラも、この三怪獣の攻撃に降参して地球を去っていった。