忍術学園の事務員・小松田秀作のミスで、忍たまたちの夏休みの宿題が入れ替わってしまう大トラブルが発生。一年は組の山村喜三太に与えられた宿題は、六年生用の宿題「オーマガトキ城城主・大間賀時曲時のふんどしをとれ」というものだった。だが、オーマガトキ城はタソガレドキ城と戦の真っ最中。そのまま喜三太は行方不明となってしまう。忍術学園は喜三太救出のため、宿題をしてこなかった忍たまたちによる選抜チームを結成。メンバーのきり丸(声：田中真弓)、しんベヱ(一龍斎貞友)らは、オーマガトキ城へと向かった。そんな中、忍術学園の学園長のもとにオーマガトキ領にある園田村の長老・手潟潔斎が相談にやってくる。園田村はタソガレドキ軍に攻め込まれないよう、タソガレドキ城主・黄昏甚兵衛から「かばいの制札」をもらおうとしていたのだった。学園長は、状況判断のためオーマガトキ軍とタソガレドキ軍の印を取ることを決定。乱太郎(高山みなみ)たち一年は組は、喜三太を探しに行こうとこの調査に立候補する。忍たまたちはふたつの軍を相手に潜入調査を開始。はたして、乱太郎たちは大事な友達を救出することができるのか……。