城ヶ崎修太(福士蒼汰)、木島朔(野村周平)、安藤ミチル(本田翼)の3人は、小学生の時から仲が良く。何をするにも一緒にいる親友同士。病弱な朔を見守る修太、生意気だが憎めない朔、そんな凸凹コンビに寄り添っていたのが活発なミチルだった。高校2年の冬、イギリス留学が決まったミチルは二人への本当の気持ちを打ち明けられないまま、旅立ちの日を迎えていた。出発当日、想いの綴られた手紙を受け取った朔は急いで空港に駆け出すもそのまま帰らぬ人となり、一人残された修太は朔の死に負い目を感じ、その日から時が止まったかのように2年が過ぎる。いまだに自分を許せない修太は朔の三回忌に出席、そこで行きたい時と場所を思い浮かべればその時代に飛んでいけると書かれた《君もタイムトラベラー》という本を見つける。その付録の時計を馬鹿にしながらも江ノ電に乗り込んだ修太が目を閉じると、突然朔が現れる……。そこは朔が死ぬ前日の“あの日”であった。信じられないという思いのなか、修太は朔とミチルともう一度“あの日”を過ごす。この時計があれば、朔が死なずにミチルも黙って海外に行かず、きっとすべて元通りに出来る……。修太は3人の失われた時を取り戻すため、江の島の“今”と“あの日”を行き来するのだった。そんなある日、自分もタイムトラベラーだという今日子(未来穂香)が現れ、歴史の秩序を崩すと全てが変わってしまう、と修太に警告する……。