信州・犬神財閥の創始者・犬神佐兵衛(仲代達矢)は、不可解な遺言状を残して永眠する。犬神家の顧問弁護士である古館の助手・若林は、遺産相続にまつわる不吉な争いを予期して金田一耕肋(石坂浩二)に助けを求める手紙を送るが、何者かに毒入り煙草で殺害される。犬神佐兵衛は生涯にわたって正式な妻子を持たず、松子、竹子、梅子という腹違いの三人の娘がいた。松子には佐清、竹子には佐武と小夜子、梅子には佐智という子供がそれぞれいる。そして、犬神家には佐兵衛が今日の地盤を築いた大恩人である野々宮大式の孫娘・珠世(松嶋菜々子)も住んでいた。問題の遺言状は佐清の復員を待って公開されることになっていたが、戦争で顔を負傷した佐清は、仮面をかぶって一族の前に現われた。遺言状の内容は、犬神家の全財産と全事業の相続権を意味する三種の家宝、斧（よき）、琴、菊を、佐清、佐武、佐智のいずれかと結婚することを条件に、珠世に譲渡するというものだった。だが、佐武は花鋏で殺され、生首だけ菊人形の首とすげかえられ、佐智は琴糸を首に巻きつけられ、そして佐清も斧で殺された。犯行現場付近には、いつも珠世とその忠実な従者・猿蔵の姿があった。やがて金田一耕介の推理によって全てが明らかになる。佐兵衛はかつて、製薬工場の女工・青沼菊乃に静馬という男子を産ませ、もともと家宝の「斧、琴、菊」は菊乃に譲られたものだった。しかし犬神三姉妹にこれを奪われ、菊乃親子は犬神家への復讐を誓ったのだ。戦場で消息不明を装った静馬は佐清に接触し、ある秘密をネタに自分たちが入れ替わることを強要し、佐清に代わって犬神家の財産を手に入れようと目論んでいた。その秘密とは、一連の殺人事件は佐清の母・松子の仕業であることだ。しかし佐清と揉み合ううちに静馬は事故死し、佐清はやむなく死体を自分のものとして処理。村の周囲を徘徊する謎の復員兵を装い、佐清は愛する珠世をひそかに見守っていた。全ての犯行が白日の元にさらされ、松子は毒を飲んで絶命する。かくして世にも陰惨な犬神家の事件は解決し、金田一耕介は村を去るのだった。