家老結城大乗の謀によって殺された近江の城主、尾形左馬亮の若君雷丸は、飛騨の国に逃げた。そこで雷丸は仙人、がま道人から忍術を仕込まれ青年になったが、がま道人は昔の悪弟子、大蛇丸に殺害された。その大蛇丸が父をも殺したことを知り、雷丸は自雷也と名乗り仇討ちのため近江に旅発った。途中、幼い時に別れた父を探し近江に向う綱手という少女に出会った。少女綱手も、父を探して自雷也の後を追った。大蛇丸から自雷也のことを聞いた結城大乗は、忍者を配し警戒網を張った。自雷也は百姓、善兵衛の娘お咲の婿に化け市中潜入に成功したが、大蛇丸は善兵衛を殺した上にお咲までさらって逃げた。一方綱手も一度は、大蛇丸の配下の忍者に襲われるが、、やはり忍者の一人の百々兵衛に救われ、無事に近江に入った。時あたかも、尾形家再興に現われた自雷也の噂でもちきりで、この混乱に乗じ大蛇丸は大乗を失脚させ、さらに自雷丸を倒し城主におさまろうという腹だった。百々兵衛のおかげで自雷也に再会できた綱手も、その百々兵衛から大蛇丸こそ探していた父だと聞かされ、連れていかれた。綱手は父大蛇丸より自雷也毒殺を命じられた。綱手から薬を飲まされた自雷也は大蛇丸の思うツボ、昏々と眠り続けた。すでに自雷也が死んだものと早合点した大乗が、酒宴を催している只中に躍り出た自雷也は、一気に大乗を倒し、さらにその裏切りを怒った大蛇丸は百々兵衛を殺し、それから自雷也の“がまの妖術”と大蛇丸の“昇竜の術”の決戦となったが、この大格闘に城は破壊された。自雷也があわや！と思われた時、綱手が蜘蛛婆からもらったかんざしを大蛇丸に投げつけると、大蜘蛛が現われ、すさまじい落雷とともに、すべての妖術が解け、自雷也は大蛇丸を一刀のもとに斬り倒してしまった。無事仇討ちを果たした自雷也と綱手は大鷲に乗り、お咲姉弟と別れて元気に飛騨の国へと飛立った。