1999年、不気味な星、ラーメタルが地球に近づきつつあった。東京のあるマンションでは、教師をしている雪野弥生が、筑波天文台の雨森教授から、遊星ラーメタルから帰ってきた探索艇の報告を聞いた。彼女は天文学の知識を買われ、天文台の仕事を手伝っていた。実は弥生は教師の姿に変えているが、かぐや姫の昔から、1000年の間、地球を見つめてきたラーメタルの使者1000年女王だった。その時、緊急呼び出しが入り、新1000年女王から交代の宣告が伝えられた。地球にやり残したことがあると暗い表情の弥生の前に、窓の外から雨森始が顔を出した。始は弥生の受け持ちの生徒で、窓ふきのバイトをする天文少年だ。入れ違いで弥生の妹セレンが入ってきて、ラーメタルが地球を奪いとる計画だと話した。その頃、始の両親が、経営する工場の爆発で死んでしまい、叔父の雨森教授のところに身を寄せることになった。その間にも、ラーメタルは刻一刻と地球に接近しつつあった。木星に近づいた時、ラーメタルの氷の外殻が溶け、ラーメタル人が現われた。暫くして、ラーメタルの隕石帯が、無数の火の玉となって地球に落下してきた。東京も壊滅的なパニックに陥った。始は弥生を助けようとマンションに走るが、そこで、管理人に地下へ案内される。そこは、1000年女王が数世紀前に造った東京直下の避難場所で、数万の難民の姿があった。始は、この地下大空洞はノアの方舟と同じように、人も動物も乗せたまま、地球から脱出できることを聞かされた。そして、地球は天地鳴動し、関東平野の外周部に突然、大断層が走り、大地がゆっくりせり上がり始めた。大空洞船、1000年女王率るノアの方舟が姿を現わした。一方、ラーメタルも大船団を地球に送り、攻撃をかけてきた。「ラーメタルは何をしようとしているのか、女王である私に何も知らせないで」女王は暗たんたる気持だ。戦いは壮絶なものとなり、次第に地球軍が有利に展開、遂にラーメタルを打ち破るのだった。